水系统清洗就是去除和防止结垢和腐蚀，以及微生物粘泥的形成。通常由一定的配方药剂，在循环水系统中的换热热器中形成一层极薄的而不影响换热效果的保护膜。要使这层保护膜均匀、致密和完整必须要求管壁表面清洁，无锈垢物沉积在上面，这样才能使水处理剂扩散到金属表面，而形成一层保护膜。为此，需进行循环冷却水处理的化学清洗，特别是对一此老系统更需要进行化学清洗。
对于锈垢并不严重的循环水系统，可以整个系统一起清洗。常用的化学清洗剂有B40清洗剂、SWC-1清洗剂及SWC-2清洗剂
对于锈垢严重的换热器，用上述方法在到预期的效果的，必须进行单塔的化学清洗、酸洗、碱洗，然后再作钝化处理，效果好的配方是SHC-1配方和NL-5配方。
当系统的化学清洗结束后，进行预膜处理。循环冷却水的预膜处理（或称基础处理）是很重要的一步，预膜处理的成功很大程度上取决于化学清洗的效果，主要的预膜剂有B807剂、TS-102预膜剂、及SW预膜剂等。
对于结垢 比较严重的冷却水系统，其冷凝器的换热效率是非常差的，如其冷凝器是壳管式冷凝器，则可对其进行物理清洗。物理清洗的法方是边冲水边用刷子清除附在管壁上的水垢和微生物。