民用建筑空调水系统的水质处理，尚未引起一些设计人员的重视。长时间循环使用的冷冻水和冷却水往往由于重碳酸盐、细菌和藻类杂物等因素，使冷水机组中的蒸发器和冷凝器等热交换设备结垢或腐蚀,从而增大设备热阻、降低制冷量和机组寿命。
       水处理：效果较好的有药物水处理法和电子水处理法。药物水处理多用于冷却水系统的水质处理，有通用型、缓蚀型和阻垢型。而电子水处理不但适用于冷却水系统，而且也可用于冷冻水（冷媒水）系统的水质处理，不同规格的电子水处理仪可安装在管径为DN12-DN300的管路上，水处理效果非常明显，目前在一些工程上已广泛应用。
      水过滤：在水系统中设置水过滤器滤除循环水中的粉尘纤维、砂石砖块、植物性啐屑等极为重要。常用的过滤装置有金属网、尼龙网状过滤器，Y型管道式过滤器等。在水系统运转期间过滤器要定期清结，以保证水路畅通无阻。